Wilayah Yurisdiksi Pengadilan Agama Serui meliputi dua wilayah Kabupaten yakni Kabupaten Kepulauan Yapen dan Kabupaten Waropen.
Kabupaten Kepulauan Yapen secara geografis atau garis astronomi berada pada 134’46” – 137’54” Bujur Timur dan 01’27” – 02’58” Lintang Selatan yang secara administratif memiliki batas-batas wilayah Sebelah Utara berbatasan dengan Kabupaten Biak Numfor, Sebelah Selatan berbatasan dengan Kabupaten Waropen, Sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Manokwari, Sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Mamberamo. Sedangkan Kabupaten Waropen yang juga merupakan wilayah Yurisdiksi Pengadilan Agama Serui secara administratif memiliki luas wilayah 16.723 km3. Wilayahnya sendiri berbatasan dengan Selat Saireri di sebelah utara, Kabupaten Puncak Jaya, Kabupaten Painai dan Kabupaten Nabire di sebelah selatan, Kabupaten Sarmi di sebelah timur serta Selat Saireri di sebelah barat.Sebelah Utara berbatasan dengan Kabupaten Biak Numfor.