Berdasarkan pasal 49 Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 tentang Peradilan Agama yang telah diubah terakhir dengan undang-undang Nomor 50 tahun 2009, tugas pokok Peradilan Agama adalah menerima,memeriksa, mengadili dan menyelesaikan setiap perkara antara orang-orang yang beragama islam di bidang, Perkawinan, Waris,Wasiat, Hibah, Wakaf, Zakat, Infaq, Shodaqoh, Ekonomi Syari’ah
- Fungsi mengadili, yakni menerima, memeriksa dan menyelesaikan perkara-perkara tertentu yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama (Pasal 49 Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 )
- Fungsi Pembinaan dan Pengawasan serta fungsi Administratif yakni memberikan pengarahan, bimbingan dan petunjuk serta melaksanakan pengawasan kepada segenap jajarannya baik menyangkut teknis yudisial maupun non yudisial dibidang administrasi umum, keuangan, kepegawaian dan lainnya untuk mendukung pelaksanaan Tugas pokok Tekhnis Peradilan dan Administrasi Peradilan.
- Fungsi Nasehat, yakni memberikan pertimbangan-pertimbangan dan nasehat tentang hukum Islam kepada instansi pemerintah didaerah hukumnya apabila diminta (Pasal 52 ayat (1) Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989)
- Fungsi kemasyarakatan, yaitu Pengadilan Agama berkewajiban memberikan kepastian kebenaran (isbat) kesaksian rukyah hilal awal bulan Hijriah (Pasal 52A Undang-undang Nomor 3 Tahun 2006)
Empat tugas pokok dan fungsi pengadilan Agama tersebut dibagi habis berdasarkan tugas dan tanggung jawab sesuai struktur organisasi Pengadilan Agama Serui